쿠바의 관타나모 기지에서 불법 총격 사건의 범인을 알려주겠다던 산티아고 사병이 다른 두 명의 해병에게 일명 코드 레드라는 금지된 특수 기합을 받다가 죽는 사건이 발생한다. 해군은 이 사건의 변호사로 능수능란하게 사건을 합의하는 것으로 유명한 캐피 중위(톰 크루즈)를 선임하지만 겔로웨이 소령(데미 무어)이 개입함에 따라 일은 복잡해진다. 조너선 중위(키퍼 서덜랜드)가 그 혹독한 기합을 명령했음을 알아낸 캐피와 겔로웨이 소령. 이들은 사건의 배후세력을 밝히기 위하여 기지 사령관 제셉 대령(잭 니콜슨)을 만나러 간다.